A obra anterior abordava um possível futuro do Universo Marvel, no qual todos os humanos haviam adquirido superpoderes. Na atual, o Capitão América e o ressuscitado Capitão Mar-Vell partem, três anos depois dos acontecimentos em de Earth x, em busca das maiores fontes de energia do universo tais como o Cubo Cósmico e os dez anéis do Mandarim. Em suas páginas, veremos versões futuras de Homem-Aranha, Irmãos Grimm, Defensores, Immortus, Quarteto Futuro, Inumanos, Fantasmas do Espaço, Espectros, Thanos, Magia, Ka-Zar e outros. Como em Earth X, narrada por X-51 - o Homem-Máquina -, Universe X é vista pelos olhos de personagens de segunda linha da Marvel: Águia Noturna e Gárgula, dois antigos Defensores.
O projeto será complementado por cinco especiais a serem lançados nos próximos meses. Nessas edições, concebidas por Ross e Krueger e roteirizados por este último, personagens-chave terão um tratamento mais aprofundado. Sua leitura, no entanto, não será essencial para o acompanhamento de Universe X. O primeiro deles, a ser lançado ainda em agosto, chama-se 4: A Universe X Special. Desenhado por Brent Anderson, traz como protagonistas o Quarteto Fantástico.
Em novembro, será a vez de Spidey, desenhado por Jackson Guice, que traz como protagonista a filha de Peter Parker. Logo em seguida, virá um especial do Capitão América desenhado por Tom Yeates. No início de 2001, John Paul Leon desenhará uma edição dedicada aos X-Men. Por fim, também ilustrada por Brent Anderson, o último enfocará os Homens de Ferro e o legado de Tony Stark.