Ao iniciar o segundo episódio da nova temporada de Arquivo X, o sentimento que fica é que estamos assistindo a um capítulo dos anos originais. A trama começa com a introdução de Sanjay (Christopher Logan), um analista de dados de uma empresa que está trabalhando em bioengenharia para o departamento de defesa americano. Todos os indicadores de "monstro da semana" estão ali: um personagem descartável que já tem seu destino predefinido, uma morte estranha que precisa ser investigada e, mais importante de tudo, os segredos que cercam todo o caso.
Mesmo com apenas seis episódios na temporada, Chris Carter e seus colegas roteiristas optaram por não eliminar o "monstro da semana", mas "Founder's Mutation" pareceu um pouco apressado. Após o primeiro capítulo, onde Mulder (David Duchovny) e Scully (Gillian Anderson) aparentam se encontrar depois de muito tempo sem contato, no qual o Arquivo X permanecia um departamento do passado e onde Tad O'Malley (Joel McHale) e sua conspiração pareciam tomar a frente da narrativa, é no mínimo estranho não termos uma cena onde a dupla se restabelece no FBI e retorna à sua salinha no porão. Mas é compreensível que a necessidade de continuar logo com a trama fez com que esse momento fosse deixado de lado.
Além do "monstro da semana", o episódio foca também no relacionamento de Mulder e Scully, principalmente em seu filho William, que foi dado à adoção 15 anos atrás devido a preocupação de ambos do que seu perigoso emprego e as conspirações que os seguem poderiam causar na vida do menino. Duas sequências de sonho revelam, através do garoto, seus maiores medos: o de Scully sendo sua abdução e o que isso pode ter causado em seu DNA, eventualmente podendo prejudicar o jovem, que sofre uma bizarra mutação e se transforma em algo que se assemelha a um álien; enquanto Mulder ainda sofre com o sumiço de sua irmã, "presenciando" novamente uma abdução alienígena, dessa vez de seu filho distante.
Apesar de ser um caso completamente não relacionado àquele que vimos no primeiro capítulo, a morte de Sanjay e a descoberta de Kyle (Jonathan Whitesell), sua irmã Molly (Megan Peta Hill) e toda a análise científica que permeia suas vidas tem sim uma conexão com a conspiração que Tad O'Malley tanto falou em seu programa. Assim como Sveta (Annet Mahendru), Jackie Goldman (Rebecca Wisocky) também sofreu com experimentos do governamentais [ou alienígenas?], que alteraram algumas coisas em seus corpos - e ambos têm uma ligação direta com gravidez.
Arquivo X foi escola para muitos roteiristas e diretores que hoje trabalham em suas próprias versões do que a série foi ou poderia ter feito. James Wong, o responsável pelo roteiro e direção de "Founder's Mutation", foi também o responsável por outros episódios clássicos da série, como "Squeeze", "Tooms" e, principalmente, "Home". Apesar de deixar um pouco de lado a parte mitológica do capítulo para focar em Kyle, Wong constrói uma narrativa que mostra como Mulder e Scully são frágeis mesmo depois de tantos anos lidando com o sobrenatural. As duas sequências que envolvem William são de partir o coração e exemplificam como o casal, que precisa da companhia e parceria do outro, ainda se distancia pelo medo do que pode acontecer, pela paranoia de que a conspiração pode alcançá-los novamente.
A série, no entanto, está cada vez mais focada no que o governo americano pode estar fazendo com a sua população, nos experimentos "alienígenas" que Mulder tanto investigou durante toda a sua vida. Já na série original, a possibilidade do governo ter criado falsos casos e estar tentando enlouquecer Mulder é levantada. Mas o jovem agente do FBI continuava perseverante em suas investigações, tentando provar que seu trabalho não era em vão. O problema é que estamos num futuro onde o departamento de Arquivo X deixou de existir e Mulder, agora bem mais velho, duvida de tudo o que fez no passado. Tad O'Malley, entretanto, pode ser um bom aliado à briga que Fox trava consigo mesmo trazendo, junto de Scully, uma certa esperança de resolver de uma vez por todas a questão de definitiva: a verdade está mesmo lá fora?
